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Thread: Química Básica...

  1. #91

    Default

    Haciéndolos partícipes de mis "descubrimientos" piñatas...

    ¿Cómo simular, en forma sencilla, una reacción en computadora (digamos, en una hoja de Excel)?

    O más bien dicho... ¿Cuál sería un marco general, para realizar dicha simulación?

    -------------------------------

    El concepto de "Grado de Avance" podemos pensarlo como una simple parametrización de la reacción química, que permite simular su estado en cualquier momento, digamos en una simple hoja de Excel... dándonos instantáneamente, también información sobre, digamos, reactivos limitantes o sobrantes.

    Video: “Grado de avance de reacción”.
    https://www.youtube.com/watch?v=jisnbkQEtB0

    Como se vio en el video de arriba, permite también simular en forma simple, sistemas complejos industriales, con reacciones acopladas.

    Esto por supuesto, también conviene aprenderlo antes de meterse en conceptos de cinemática química.

    Este concepto también se aplicará al meterse a considerar conceptos de termodinámica química, y permite encontrar puntos de equilibrio en reacciones reversibles, energía libre de Gibbs, etc.

    La definición más formal de grado de avance , está definido por:



    Donde vi es el coeficiente estequiométrico de la reacción, y las “n” se refiere a los moles iniciales y finales.

    Aunque no es evidente, la formula de arriba nos dice que:



    Es decir, el grado de avance inicial, por definición es “cero”.

    Como se ve, en una reacción balanceada el grado de avance es igual para todas las sustancias, y siempre es positivo, con la convención de que

    < >

    El coeficiente estequiométrico es negativo para los reactivos y positivo para los productos.

    De la fórmula anterior, es evidente que se pueden encontrar los moles de cada reactivo y producto en cada momento, mediante:


    < >

    El grado de reacción es único para cada reacción química, aunque se trate de reacciones acopladas.

    El avance, no solo tiene que establecerse en moles.... un "avance" también puede significar, a una escala menor, la distancia internuclear de dos átomos que reaccionan. Es un concepto simple parametrización, pero que abre la puerta a entender la reacción química, como un sistema que se mueve coordinadamente, y va de un estado inicial a uno final con estados definidos intermedios.

    https://www.bing.com/images/search?q=Extent+reaction

    El avance de reacción como concepto de avance de reacción, en forma ya de gráfica, se usa para ilustrar cosas como el punto de equilibrio que alcanza una reacción reversible, y la entalpía liberada, a cierta presión y temperatura.

    Avance de la reacción.
    Extent of reaction.
    Umsatzvariable.
    Химическая переменная.
     ().


    --------------------------------
    Una vez que nos familiarizamos con el concepto de avance de reacción (para lo cual es conveniente hacer varios ejercicios en Excel), lo siguiente es preguntarnos:

    1. ¿Una reacción avanzará siempre hasta la transformación total de reactivos en productos?

    Es decir, hasta que valor llegará la variable “zeta”.

    2. ¿A qué velocidad, dadas ciertas condiciones, se realizará la reacción?

    Es decir, con qué velocidad se moverá la variable “zeta”, como función ella misma del tiempo.

    La primera pregunta se contesta con conceptos de termodinámica química, y en particular con el dominio de la Energía de Gibbs.

    La extensión de la reacción se puede hasta cierto punto controlar modificando la presión y la temperatura.

    La segunda pregunta, se contesta dominando conceptos de cinética química.

    La velocidad de la reacción, también se puede controlar hasta cierto punto, modificando la presión y la temperatura, entre otras cosas.

    Es decir, para determinar los moles de cualquier sustancia implicada en la reacción, podemos usar la siguiente lógica:

    n(fin)(i) = n(ini)(i) + zeta_max * v(i) * f(t)

    Donde “zeta_max” es la grado de reacción máximo que tendrá la reacción, dada su termodinámica, y f(t) es un factor que evoluciona con el tiempo, que comienza en “0” y termina en “1” de acuerdo a la cinética calculada de la reacción. Generalmente, f(t) tendrá una forma exponencial.
    (Edición de firma).

  2. #92

  3. #93

  4. #94

    Default

    Un componente importante de la metalurgia de metales preciosos...

    https://www.youtube.com/watch?v=2yE7v4wkuZU




    ---------------------------------------------

    Usando electroquímica...

    https://www.youtube.com/watch?v=ep23ds4cZs4



    Pero parece poco práctico...
    Last edited by Sirius2b; 28-05-19 at 06:35 PM.
    (Edición de firma).

  5. #95

    Default

    Este método para H2SO4 es interesante pero parece peligroso, con gases de Bromuro...

    https://www.youtube.com/watch?v=6ms6xbPhdVs

    (Edición de firma).

  6. #96

  7. #97

    Default

    Estoy viendo de forma superficial la Teoría de Redes de Reacciones, y no sé si lo estoy entendiendo bien, pero no me gusta nada.

    =(.

    El método parece depende de un vector de velocidades, que no me parece que se deriven de una lógica propia de lo conocido por la Cinética Química.

    https://en.wikipedia.org/wiki/Stoich...iometry_matrix
    https://en.wikipedia.org/wiki/Chemic...network_theory
    https://de.wikipedia.org/wiki/Chemic...Network_Theory

    ¿Podré crear un método original para resolver este tipo de problemas en forma matricial-numérica?

    Me gustaría probar.

    A + B --> AB

    AB + C --> ABC

    A ver si lo intento en estos días.
    (Edición de firma).

  8. #98

    Default

    Un tema más bien de Ingeniería Mecánica... un mini-motor de reacción casero.

    https://www.youtube.com/watch?v=UGn27IkWOqU

    (Edición de firma).

  9. #99

    Default

    No cabe duda que los rusos tienen un gran sistema educativo, combinando cosas como ingeniería mecánica y aviación...

    https://www.youtube.com/watch?v=dYFYZ-g7fzA

    (Edición de firma).

  10. #100

    Default

    Ultimo video del cazabombardero casero...

    https://www.youtube.com/watch?v=E7ylk7QMZG0

    (Edición de firma).

  11. #101

    Default

    Bump….
    (Edición de firma).

  12. #102

    Default

    No hay que bajar este video, pero está entretenido...

    https://www.youtube.com/watch?v=j3NwYKm0d7k

    (Edición de firma).

  13. #103

  14. #104

    Default

    Como propulsar cohetes de juguete de manera económica...

    https://www.youtube.com/watch?v=12fR9neVnS8




    https://www.youtube.com/watch?v=r2lDXoW78u0
    (Edición de firma).

  15. #105

    Default

    No es un tema estrictamente de química - si acaso, sobre gases.

    Cohetes "de agua"... es decir, cohetes propulsados por gas comprimido que actúa primero sobre una masa de agua. Un principio similar - creo - al de algunos cañones ingleses sin retroceso de la segunda guerra mundial.

    https://www.youtube.com/watch?v=4r9gmLfpFTg

    (Edición de firma).

  16. #106

    Default

    Tengo actualmente (de momento) algunos temas que son la base de mi participación en este foro...

    - El de Electrónica.
    - El de Botánica.
    - El de estudio de Ruso.
    - Este de Química.
    - El de guardar los artículos de El Financiero, como una hemeroteca personal, y los videos de Ricardo Alemán, y ahora de Loret.
    - Los temas de Música (Altozano y Alvinsch) y el tema de mis chichas, donde eventualmente voy recordando temas musicales que me gustaron durante mi vida.

    Este de Química ya se ha bajado mucho, y requiere retomarse. Tengo que buscar entre mis archivos algunos cursos que había bajado de YouTube, continuar afinando mis apuntes de la licenciatura, y darle un enfoque más centrado.

    Creo que voy a orientarme a hora, a aprender el Gaussian.
    (Edición de firma).

  17. #107

    Default

    Entonces, quedamos que los siguiente en este tema, es tratar de aprender "Gaussian".

    Para eso es necesario material para guiarse en el estudio.

    1. Los videos tutoriales. (ya están bajados).

    Estos deben analizarse con el fin de darles una estructura lógica.

    La teoría, muy extensa, puede encontrarse en dos fuentes:


    2. https://expchem3.com , este sitio, presenta un libro que nos lleva a los detalles de uso del Gaussian para ciertas tareas de análisis de estructura molecular.

    3. A un nivel más profundo, el libro de arriba se basa en métodos Estructura Atómica y Química Cuántica, libros de texto de química física.

    --------------------------

    Mientras voy preparando esto, continuo redondeando mis apuntes escolares.
    (Edición de firma).

  18. #108

  19. #109

    Default

    Interfase Más moderna: "Gauss View 6" (OK, ese mero).
    Kernel más moderno: "Gaussian 16" (OK, Gaussian 09 no está tan mal).

    Historial de versiones:
    Gaussian 70, Gaussian 76, Gaussian 80, Gaussian 82, Gaussian 86, Gaussian 88, Gaussian 90, Gaussian 92, Gaussian 92/DFT, Gaussian 94, Gaussian 98, Gaussian 03, Gaussian 09 and Gaussian 16.

    El manual disponible en forma "gratuita", asume un Windows 95. OK, tal vez si hay una gran diferencia en formato con lo actual, pero la ciencia sigue siendo la misma, y los científicos son un poco "conservadores" con sus programas.

    --------------------------------------------

    Temas que se ven en los videos tutoriales.

    Video 1: Se basa en la interfase "GaussView 6"

    Se trata de construcción gráfica de moléculas.

    Temas específicos:

    - Uso de templates.
    - Establecimiento de ángulos.
    - Uso de la Simetría en la construcción.
    - Acoplado (docking) de estructuras.
    - Usando templates alternativos.

    Fuente: Capitulo 2, de la 3ra Edición.

    Video 2: Correr Trabajos desde GaussView.


    Temas específicos:


    - Single Point Energy.
    - Optimización Geométrica.
    - Optimización + Frecuencia.
    - Análisis de población.
    - Cálculos en Solución.

    Fuente: Capítulo 2, 3ra Edición.


    Video 3: Visualización de Resultados.

    Temas específicos.

    - Resumen de cálculos.
    - Propiedades de átomos y enlaces.
    - Gráfica IRC (= Intrinsec Reaction Coordinate)
    - Frecuencia.
    - Análisis vibracional an-harmónico.

    Fuente: Capítulo 2, 3ra Edición.

    Video 4: Visualizando resultados en 3D.

    Temas específicos.

    - Orbitales moleculares (MO).
    - Comparación entre MO.
    - Superficies electrónicas.
    - Otros datos volumétricos.

    Fuente: Capítulo 2, 3ra Edición.

    Video 5: Trabajando con Espectros.

    Temas específicos.

    - IR, Raman, VCD, ORD, ROA, NMR.
    - Sustitución isotópica.
    - Optimización de variables.

    Fuente: Capítulos 3, 4 y 7, 3ra Edición.
    (Edición de firma).

  20. #110

    Default

    "Explorando Química con Métodos de Estructura Electrónica".
    2da. Edición.
    - Foresman & Frisch.

    Esctructura capitular del manual.

    Parte 0. Sobre el libro.

    - Lista de Ejempos y Ejercicios.
    - Lista de recomendaciones al maestro.
    - Reconocimientos (Acknowledgments).
    - Prefacio (About This Work).
    - Quick Start: Running Gaussian.

    Parte I - Conceptos y Técnicas Escenciales.

    1. Métodos Computacionales y Químicas Modelo.
    2. Cálculos de Single Point Energy.
    3. Optimizaciones Geométricas.
    4. Cálculos de Frecuencia.

    Parte II - Químicas Modelo.

    - Introducción.
    5. Conjunto base, Efectos.
    6. Seleccionando el Modelo Teórico Apropiado.
    7. Modelos de Energía de Alta Precisión.

    Parte III - Aplicaciones.

    8. Estudio de Reacciones Químicas y Reactividad.
    9. Modelado de Estados Exitados.
    10. Modelado de Sistemas en Solución.

    Appendices.

    A. El transfondo teórico (253 - 282). ("Curso teórico")
    B. Vista general de la entrada a Gaussian.
    (Edición de firma).

  21. #111

    Default

    Análisis de una molécula de agua...

    --------------------
    #T RHF/6-31G(d) Test
    --------------------
    ------------------------------------------------
    xxxxxxxxxxxxxxxxx AGUA: ENERGÍA DE UN SOLO PUNTO.
    ------------------------------------------------
    Symbolic Z-matrix:
    Charge = 0 Multiplicity = 1
    O -0.464 0.177 0.
    H -0.464 1.137 0.
    H 0.441 -0.143 0.

    Distance matrix (angstroms):
    1 2 3
    1 O 0.000000
    2 H 0.960000 0.000000
    3 H 0.959909 1.567618 0.000000
    Framework group CS[SG(H2O)]
    Deg. of freedom 3
    Standard orientation:
    ---------------------------------------------------------------------
    Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms)
    Number Number Type X Y Z
    ---------------------------------------------------------------------
    1 8 0 0.000000 0.110843 0.000000
    2 1 0 0.783809 -0.443452 0.000000
    3 1 0 -0.783809 -0.443294 0.000000
    ---------------------------------------------------------------------
    Rotational constants (GHZ): 919.1536408 408.1142629 282.6254666
    19 basis functions, 36 primitive gaussians, 19 cartesian basis functions
    5 alpha electrons 5 beta electrons
    nuclear repulsion energy 9.1576066717 Hartrees.
    NAtoms= 3 NActive= 3 NUniq= 3 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
    ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=1 IRadAn= 1 AccDes= 0.00D+00
    Harris functional with IExCor= 205 and IRadAn= 1 diagonalized for initial guess.
    HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 1 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
    ICtDFT= 3500011 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
    FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
    NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
    wScrn= 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0 I1Cent= 200000004 NGrid= 0
    NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
    Petite list used in FoFCou.
    Initial guess orbital symmetries:
    Occupied (A') (A') (A') (A') (A")
    Virtual (A') (A') (A') (A') (A") (A') (A') (A') (A") (A')
    (A") (A') (A') (A')
    The electronic state of the initial guess is 1-A'.
    SCF Done: E(RHF) = -76.0098709451 A.U. after 10 cycles
    NFock= 10 Conv=0.41D-08 -V/T= 2.0027

    ******************************************************* ***************

    Population analysis using the SCF density.

    ******************************************************* ***************

    Orbital symmetries:
    Occupied (A') (A') (A') (A') (A")
    Virtual (A') (A') (A') (A') (A') (A") (A') (A') (A") (A')
    (A") (A') (A') (A')
    The electronic state is 1-A'.
    Alpha occ. eigenvalues -- -20.55794 -1.33616 -0.71421 -0.56030 -0.49560
    Alpha virt. eigenvalues -- 0.21061 0.30391 1.04585 1.11668 1.15959
    Alpha virt. eigenvalues -- 1.16928 1.38463 1.41676 2.03064 2.03552
    Alpha virt. eigenvalues -- 2.07410 2.62759 2.94215 3.97815
    Condensed to atoms (all electrons):
    Mulliken charges:
    1
    1 O -0.876158
    2 H 0.438076
    3 H 0.438082
    Sum of Mulliken charges = 0.00000
    Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
    1
    1 O 0.000000
    Electronic spatial extent (au): <R**2>= 18.9605
    Charge= 0.0000 electrons
    Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X= -0.0001 Y= -2.1385 Z= 0.0000 Tot= 2.1385

    Test job not archived.
    1|1|UNPC-xxxxxx|SP|RHF|6-31G(d)|H2O1|xxxxx|06-Aug-2019|0||#T RHF/6
    -31G(d) Test||xxxxxxxx||0,1|O,
    0,-0.464,0.177,0.|H,0,-0.464,1.137,0.|H,0,0.441,-0.143,0.||Version=IA3
    2W-G09RevD.01|State=1-A'|HF=-76.0098709|RMSD=4.097e-009|Dipole=0.68696
    63,0.4857774,0.|Quadrupole=0.2773187,0.8269676,-1.1042863,-0.7769627,0
    .,0.|PG=CS [SG(H2O1)]||@

    Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 7.0 seconds.
    File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
    Normal termination of Gaussian 09 at Tue Aug 06 19:33:04 2019.
    (Edición de firma).

  22. #112

    Default

    Avanzamos.
    (Edición de firma).

  23. #113

    Default

    Entonces, continuaremos con el proyecto de estudiar Química, todavía por lo menos lo que resta del año,...

    (a.) Seguimos revisando las notas de la Licenciatura.

    (b.) Estudiaremos bien el Gaussian y el Sirius (este último, más orientado a la Biología Molecular, recordando que ya hemos tenido varios cursos de eso).

    (c.) Comenzaremos a estudiar "en serio" la Química Cuántica (que es la base del Gaussian).
    (Edición de firma).

  24. #114

    Default

    INTRODUCCION A GAUSSIAN.

    DIFERENCIA ENTRE GAUSSIAN Y SIRIUS.

    Sirius, es un programa básicamente de Interfase gráfica (visualización) aunque tiene integradas unas pocas rutinas analizadoras,

    Gaussian es un programa (o conjunto de programas) analizador, pero que tiene como acompañante a un visualizador gráfico (GaussView), tanto “para estar más a la moda”, como poder introducir de manera más efectiva la información al analizador.

    GaussView al parecer es un paquete de visualización más poderoso que Sirius, pero requiere más horas de aprendizaje.

    Aprender Sirius puede hacerse con relativamente pocas horas de estudio, y tiene integrada en la ayuda un tutorial bastante efectivo.

    Aprender Gaussian requiere de muchas horas de estudio, y no tiene integrado en el programa mismo un tutorial efectivo que recorra todas sus capacidades o las explique a fondo.

    VERSIONES DEL GAUSSIAN.

    Gaussian ha estado presente con muchas versiones. Su primera implementación fue en supercomputadoras y main-frames en institutos de investigación. Antes de pasar a Windows, estuvo disponible más bien en UNIX.

    Las versiones de Gaussian en el mercado, han sido las siguientes, indicándose generalmente en sus nombres el año de actualización:

    Gaussian 70, Gaussian 76, Gaussian 80, Gaussian 82, Gaussian 86, Gaussian 88, Gaussian 90, Gaussian 92, Gaussian 92/DFT, Gaussian 94, Gaussian 98, Gaussian 03, Gaussian 09 and Gaussian 16.

    La versión que hemos conseguido “gratuitamente” al momento de escribir esto, es la indicada en negritas.

    La versión de GaussView que tenemos, es el GaussView6.


    Estos dos programas los tengo guardados, como archivos comprimidos .rar, en el masivo archivo de videos, en la carpeta de Química, subcarpeta “Sirius y Gaussian”.

    FILOSOFIA DEL PROGRAMA GAUSSIAN.

    La filosofía verdadera de Gaussian está basada en UNIX, como un conjunto de muchos programas individuales que procesan archivos de información, con ciertos parámetros que se indican cuando se corren.

    Producen archivos de salida – muchos en texto plano – que a su vez en algún momento pueden ser usados por otros programas para hacer análisis más complejos.

    Su salida se parece un poco en filosofía a los programas como el SPSS y otros programas estadísticos, en donde el análisis completo – extenso – del procedimiento se presenta como texto plano y gráficos.

    La versión en Windows, utiliza ciertos cuadros de diálogo que ayudan un poco a recordar que parámetros usar, pero las instrucciones se suelen entrar ahí como líneas de comando de texto… por lo que los cuadros de diálogo no son tan numerosos ni tan complicados.


    DOCUMENTACION.

    La clave para aprender Gaussian es tener un libro que nos lleve paso a paso por preparar y ejecutar los más comunes procedimientos.

    Ese libro existe, y son las varias ediciones (1, 2 y 3) de:

    “Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods”.
    Por: James B. Foresman y Aeleen Frisch

    La tercera edición de ese libro es bastante cara (100 USD con todo y envío). Pero la 2da edición se consigue “bucanera”, como imágenes en un archivo .pdf.

    Este lo tengo en el masivo archivo de vides, en la carpeta de Química, subcarpeta “Sirius y Gaussian”.

    "Explorando Química con Métodos de
    Estructura Electrónica". 2da. Edición.
    - Foresman & Frisch.

    Estructura capitular del manual.

    Parte 0. Sobre el libro.

    • Lista de Ejemplos y Ejercicios.
    • Lista de recomendaciones al maestro.
    • Reconocimientos (Acknowledgments).
    • Prefacio (About This Work).
    • Quick Start: Running Gaussian.

    Parte I - Conceptos y Técnicas Esenciales.

    1. Métodos Computacionales y Químicas Modelo.
    2. Cálculos de Single Point Energy.
    3. Optimizaciones Geométricas.
    4. Cálculos de Frecuencia.

    Parte II - Químicas Modelo.

    - Introducción.
    5. Conjunto base, Efectos.
    6. Seleccionando el Modelo Teórico Apropiado.
    7. Modelos de Energía de Alta Precisión.

    Parte III - Aplicaciones.

    8. Estudio de Reacciones Químicas y Reactividad.
    9. Modelado de Estados Excitados.
    10. Modelado de Sistemas en Solución.

    Apéndices.

    A. El transfondo teórico (253 - 282). ("Curso teórico")
    B. Vista general de la entrada a Gaussian.


    Otro documento es “manual de referencia” del Gaussian09, un archivo 25 páginas, en .PDF, (g09w_ref.pdf) que viene con el programa. Pero no es una referencia muy importante.


    FILOSOFIA DE ESTUDIO.

    Es más fácil obtener salidas de este programa, que interpretarlas correctamente.

    A medida que avanzamos en el estudio de este programa, debemos ir documentando los nuevos conceptos teóricos que vayamos encontrando, en Wikipedia u otros lugares.

    El estudio de estos programas, no debe ser aislado, y ni siquiera “un fin en sí”.

    1. A medida que vayamos estudiando Química y Bioquímica, debemos usar estos programas para lograr un entendimiento más profundo de lo que hacemos. El conocimiento se retroalimenta a sí mismo.

    2. El estudio de estos programas, debe ir de la mano con el estudio de Química Cuántica, que es su base de funcionamiento.
    (Edición de firma).

  25. #115

    Default

    Los temas que estoy desarrollando (la base de mi participación en el foro):
    (Me propongo mantener estos temas hasta Diciembre de este año, 2019).

    - Química: http://www.latrinchera.org/foros/sho...ca-B%C3%A1sica
    - Electrónica: http://www.latrinchera.org/foros/sho...e-La-Trinchera
    - Botánica: http://www.latrinchera.org/foros/sho...-O-T-A-N-I-C-A
    - Ruso: http://www.latrinchera.org/foros/sho...e-La-Trinchera
    - Financiero: http://www.latrinchera.org/foros/sho...-EL-FINANCIERO
    - Música: http://www.latrinchera.org/foros/sho...ano-y-Alvinsch

    Code:
    - Química: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?58997-Qu%C3%ADmica-B%C3%A1sica
    - Electrónica: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?59624-Curso-Pr%C3%A1ctico-de-ARDUINO-de-La-Trinchera 
    - Botánica: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?59805-B-O-T-A-N-I-C-A
    - Ruso: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?59578-Curso-de-Idioma-Ruso-de-La-Trinchera
    - Financiero: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?58021-COLUMNAS-DE-EL-FINANCIERO
    - Música: http://www.latrinchera.org/foros/showthread.php?59895-El-Mundo-de-la-M%C3%BAsica-con-J-Altozano-y-Alvinsch
    (Edición de firma).

  26. #116

    Default

    Arriba se listó la salida del análisis de una molécula de agua... veremos ahora las secciones de la que está compuesto este y otros archivos de salida:

    Los archivos de salida de un trabajo, tienen la extensión *.OUT.

    Generalmente, tienen los siguientes apartados en orden:

    - Copyright ©.

    - Citación oficial (si se publican resultados obtenidos con el programa).

    - Versión de Gaussian que ha corrido, así como datos para reportar un error.

    (Estas secciones se eliminaron del listado de arriba, por razones obvias).

    - Sección de ruta (route section): Descripción de la molécula.

    - Orientación estándar: Coordenadas internas usadas por el programa, con origen en el centro de carga de la molécula.

    Para el procedimiento que se pidió de Single Point Energy, se dan las secciones:

    - Resultado del procedimiento SCF (Self Consistent Field). El SCF es un método específico para resolver la ecuación de Hartree-Fock.

    Método SCF.
     ().

    - Mulliken Population Analysis. Este procedimiento, particiona la carga de la molécula para cada átomo.

    Mulliken Population Analysis.
     ().

    - Total atomic charges. La distribución de cargas en la molécula, normalizados tal que la suma total da “1”.

    - Momento dipolar. Su magnitud se da en debyes, y su orientación se indica con respecto a las coordenadas internas (dadas arriba).

    - Resumen de la corrida. Un resumen compacto de los parámetros de la corrida, y sus resultados.

    - “Citas citables”. Si el procedimiento corre sin errores, se termina con un dicho popular, de sabiduría instantánea :).

    - Recursos consumidos. Resumen de recursos consumidos por el procedimiento, principalmente recursos de CPU.
    (Edición de firma).

  27. #117

    Default

    Gaussian (y tal vez Sirius) operan con sus propios tipos de archivos nativos, en el caso de Gaussian el *.GJF (algo así como Gaussian Job File), que especifica el procedimiento a realizar, y que incluye una sección de descripción de la molécula.

    Sin embargo, entre los sorprendentemente diversos tipos de archivos de descripción de moléculas, existe uno destacado, el *.PDB ("Protein Data Bank").

    El Protein Data Bank, de Brookhaven, es donde se tienen guardadas las descripciones de más de 100,000 moléculas biológicas. Incluso el viejo Sirius, como parte de sus características más apreciadas entonces, era el tener una interfase que pudiera conectarse con esa base de datos por Internet.

    https://es.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank



    Sitio:
    https://www.wwpdb.org/
    (Edición de firma).

  28. #118

  29. #119

    Default

    Por supuesto, PyMOL también debe tomarse en cuenta como una herramienta útil.

    https://es.wikipedia.org/wiki/PyMOL
    (Edición de firma).

  30. #120

    Default

    Bajé la descripción de una molécula de hemoglobina e *.PDB.

    El GaussView es capaz de manejarla sin ningún proceso de conversión.

    Además, entré a "Utilities" de Gaussian y convertí el archivo en *.GJF.

    No hubo absolutamente ningún problema, y la utilidad de conversión es más inteligente y fácil de usar de lo que parece.

    Todo muy fluido... pero es bueno documentar con cierta profundidad el procedimiento y explicar un poco las opciones posibles.

    Hemos prácticamente terminado el ejercicio 1.

    También debemos

    - documentar la teoría de "Single Point Energy",
    - explicar porqué Gaussian se llama "Gaussian", y
    - cuales son los Basis Sets

    ... toda esa inormación está en la Tesis de este chavo inglés de Cambridge, que me encontré en internet.

    Todo esto lo haremos en la siguiente sesión.

    Por el momento, pasamos a otra cosa.
    (Edición de firma).

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